臺南市政府環保局表示，二仁溪，臺南市與高雄市的界河，經過多年整治，到今年8月嚴重污染比例已經大幅下降到百分之17.4，兩市仍會持續整治，臺南市將推動永康污水下水道建設及用戶接管，加強支流三爺溪事業稽查及清查。如果上游主要污染源高雄市畜牧糞尿資源化可以達到百分之75，二仁溪水清魚見不久就可以實現。

環保局指出，從108年起加嚴三爺溪流域銅放流水限值，深度查核79家含銅工廠，聘請專家學者進廠輔導改善並請業者提出自主污染削減管理；監測高污染潛勢廠商污染異常排放情形；培訓河川巡守志工，包含中華醫事科技大學等10隊338人加入河川巡守、污染通報及簡易水質監測。環保局也分年針對境內各大流域辦理生態調查，其中，108年間二仁溪生態物種調查，在中下游水域調查到的魚類種類數，已經從20多年前的10多種，增加到41種，最讓人驚喜的是竟然發現鰻苗。