臺灣史前文化博物館南科考古館正式營運以來，累計入館人數已經超過七萬人次。南科考古館常設展及特展廳展出豐富的考古文物，以及館外別具特色的公共藝術作品，已經成為台南民眾週末假日寓教於樂的好去處。南科考古館建議民眾可以多多利用大眾運輸工具到館參訪，館方表示，平日搭乘高鐵的遊客，可以在高鐵台南站6號月台搭乘免費接駁車（綠線）到南科考古館；平日搭乘台鐵的旅客，在台鐵南科站搭乘免費接駁車（紅、橘、藍線）或是台鐵善化站搭乘免費接駁車（棕線）都可以到達南科考古館。

另外，因應多數遊客在假日前往，南科管理局試辦「假日商圈線」免費接駁車，假日行駛七班次，民眾假日可以搭乘「假日商圈線」在南科Park 17商場下車到南科考古館參訪。有關交通資訊已經公布在國立臺灣史前文化博物館官網-南科考古館-參觀資訊內，歡迎民眾多加查詢利用。