為避免腸病毒疫情傳播，衛生局將於9月底前完成本市校園210家國小及580家幼兒園年度第二次腸病毒防疫措施查核作業，並督導校園及機構內員工應落實相關防疫措施，防止腸病毒於校園及機構內傳播。
衛生局提醒，腸病毒的傳染力強且開學日將至，除家庭手足間，校園、安親班及托嬰中心等場所，也易因密切接觸、頻繁互動而造成傳播風險，籲請民眾仍應提高警覺，家長及教托育機構教職員工，務必教導幼兒及學童們正確洗手的五步驟「濕、搓、沖、捧、擦」及洗手五時機「看病前後洗手、用餐前、接觸幼兒前、如廁後、擤鼻涕後」，落實個人衛生。
學童如經醫師診斷感染腸病毒，也應遵守「生病不上學」的防疫措施，並與其他嬰幼兒適度區隔，亦針對幼童常接觸的門把、桌椅、玩具、室內遊戲等環境，以500ppm濃度漂白水(漂白水：水=1：100)進行定期消毒，降低病毒傳播，其他常見清潔劑(酒精、酚類等)則不具腸病毒消毒效果。
台南市府呼籲， 5歲以下幼童為併發重症高危險群，且重症病程發展快速，應留意腸病毒感染併發重症前兆（手腳無力、嗜睡、肌躍型抽搐、持續性嘔吐、呼吸急促或心跳加快等），儘速至本市5家腸病毒重症責任醫院（成大醫院、永康奇美醫院、郭綜合醫院、臺南新樓醫院、麻豆新樓醫院）就醫，以掌握黃金時間治療，降低重症發生的機會。
